Im Jahre 2005 beschliesst der Stiftungsrat die Exklusivförderung der neuen Orgel im historischen Barockgehäuse der Päpstlichen Basilika Alte Kapelle zu Regensburg. Die Ausführung wurde der Mathis Orgelbau in Näfels übertragen. Die Päpstliche Basilika gehört zu den prachtvollen und historisch bedeutenden Gotteshäusern in Bayern und ist Pflegestätte einer traditionsreichen Marienverehrung sowie der musica sacra. Traditionell gelangen auch Werke des Liechtensteiner Orgel- und Sakralkomponisten Josef Gabriel Rheinberger (1839–1901) zur Aufführung. Der Stiftungsrat ist dem Heiligen Vater zutiefst dankbar, dass die ihm gewidmete Orgel seinen Namen trägt. Am 13. September 2006 wurde das Instrument von Papst Benedikt XVI. geweiht und seiner hohen Aufgabe übergeben.